Питер Паркер под маской Человека-паука по-прежнему спасает мир от злодеев и преступников, а свободное время проводит со своей возлюбленной Гвен, но школьная пора близится к концу, и впереди героев ждет взрослая жизнь. Питер помнит о том, что дал отцу Гвен слово навсегда уйти из жизни девушки, тем самым больше не подвергая ее опасности. Однако сдержать это обещание не так просто.

Автоботы и десептиконы покинули планету, оставив человечество собирать ее по кусочкам. Между тем группа могущественных бизнесменов и гениальных ученых пытается извлечь уроки из ошибок прошлого и улучшить технологии до такой степени, чтобы выйти за пределы контролируемого ранее. В это время другая группа — древних мощных трансформеров — берет Землю под прицел.